お越し頂きありがとうございます。
ここではHandBrakeで、DVDISOをMKV動画ファイル（H.264）へ変換するのに最適な出力設定方法を説明します。
Core2 Quad Q8400@2.66GHｚ＋メモリ4GBで、圧縮率は70～80％（約4GBの動画なら1GB前後）、ソースの3/4程度の時間で変換出来ます。
今のCore iシリーズならソースの半分以下の時間で変換出来るかもしれません。
下記の出力設定は思考錯誤した結果、個人的に「一番綺麗に、そして速く圧縮できた」と感じた設定値です。
自分と同じく「低容量じゃなくても良いが、とにかく速く簡単に、だけど高画質でMKVに変換したい！」という方におすすめです。
使用しているのは、HandBrake Ver0.9.6を日本語化したものです。日本語化の仕方はググると出るので省略、最新版のVer0.9.8はまだ日本語化ファイルが存在しないようですね。
サイズの横幅と高さは、ソースと同じ数値を入れてください。PCディスプレイがフルHDだから1920×1080と指定したくなりますが、ソース以上に画質を上げたからといって高画質動画にはなりません。
ピクチャの設定～クロッピングまで、この設定を入力していくと、サイズの項目がグレーになります。同時にアスペクト比のチェックが消え、アナモルフィックの下に表示される画面サイズがソースと違う数値になりますが、これが再生した時のアスペクト比なのです。
DVDのジャケット裏に表示されている再生情報に〔４：３〕というマークがあれば画面サイズは640×480で、昔の四角いTVの画面に合わせて撮影された動画ということです。〔１６：９〕とあれば画面サイズは853×480で、今のワイドTVの画面に合わせて撮影された動画ということです。
この画面サイズがソースと同じ720×480だった場合、画面が少し縦か横に潰れた映像で再生されてしまいます。これでは毎回再生する度にDVDプレーヤー側の設定でアスペクト比を正しく設定し直さなければなりません。
また、〔１６：９ＬＢ〕とLB（レターボックス）という表示が付くと、撮影された動画画面が細長く、上下に（ときに左右にも）黒帯が入る場合があります。
【ピクチャの設定】その１では、アナモルフィックを厳密にすることでTVで再生するのと全く同じように再生させる設定なので、この黒帯が入った状態で変換されます。「PC上でしか再生しない、黒帯なんか要らない、ソースの映像だけ変換したい」という方は、下記の【ピクチャの設定】その２に設定してください。
アナモルフィックはCustomに設定すると下の項目が自動で入ります。クロッピングを自動に設定することで、上下左右の黒縁を自動的に判断してカットしてくれます。
これで上下左右の黒帯がない純粋なソースの映像だけ変換されると思います。
上記の２つの設定で変換したのにソースよりも潰れて再生されたという方は動画プレイヤーのアスペクト比とウィンドウサイズの設定を見直してみてください。
【映像フィルター】
フィルター
・逆テレシネ：OFF
・Decomb：OFF
・インターレースの解除：Slow
・ノイズ軽減：OFF
・ブロック解除：OFF
・グレースケールエンコーディング：チェックなし
実は設定効果を詳しく理解していないのですが、逆テレシネはアニメ用、Decombとインターレースの解除は排他使用という認識で設定しています。
自分はアニメ動画を圧縮することはないので、逆テレシネはOFF。
初心者はインターレースの解除を設定するより、DecombをDfaultにした方が良いらしいのですが、ここでは画質を自分の好みに設定できるインターレースの解除を設定します。
OFFでは動きが速い動画の場合、確実に横縞のノイズが入るので×。
Customだと動画の出来に当たりはずれがあるので、Fast・Slow・Slowerから好みの設定を選ぶのが良いです。
Fastは一番変換速度が速くSlowerは一番遅いですが、Fastではノイズカットが雑です。そして、SlowとSlowerはしっかりノイズカットされてますが差が分かりません。
また、FastとSlowでは変換速度にほぼ差がありませんが、Slowerにするとかなり遅くなります。よって、インターレースの解除はバランスのよいSlowを選んでいます。
ノイズ軽減の項目は、ソースを見て判断しなければなりません。
例えば、収録映像自体が古く、昔のビデオテープの様に砂ノイズが現れたりするソースの場合にこのノイズ軽減を設定することで、砂ノイズを軽減した綺麗な映像に変換します。
ただし、Customだと動画の出来に当たりはずれがあり、Medium・Strongと上げるほど動画が滲んでるように見えるので、自分はソースに砂ノイズ等があった場合、Weakに設定しています。
ブロック解除は次の【映像】の項目でビットレートをYoutube並み（340p以下）に低くした時に現れるブロックノイズを抑制する設定です。
このブログでは高ビットレート設定なのでOFFに。ちなみに設定値を上げるほど動画はぼやけ、変換時間は何倍にも膨れ上がります。
グレースケールエンコーディングにチェックを入れると白黒動画になっちゃいます（昔の白黒映画用でしょうか？）。
【映像】
映像
・映像コーディック：H.264（x.264）
・フレームレート（FPS）：Same as source
・可変フレームレートを選択
品質
・平均ビットレート（kbps）：2000
・2-Passエンコーディング：チェックなし
MKVで高品質圧縮が目的なので、映像コーディックはH.264（x.264）を選択。
フレームレートは、Same as source（ソースと同じ）でＯＫです。そして容量削減のため可変フレームレートを選びます。
品質は平均ビットレート（kbps）を指定します。
1500kbps（1.5Mbps）あれば十分綺麗と言われていますが、あの汚いビデオCD（Mpeg1）で1.15Mbpsもあったのかと思うと1.5Mbpsも大差なさそうですよね。
2000kbps（2Mbps）でも、VHSと同程度ですが、YouTubeのHD画質モード最高画質とも同じということで、自分は平均ビットレートを2000に指定しています。
ちなみにDVDは6～9Mbpsくらいなので、1/4前後に圧縮。
2-Passエンコーディングはしません。
指定した平均ビットレートが高いので、してもしなくても差が全くと言って良いほど無いにも関わらず、変換時間が倍になるので。
【音声】
音声トラック
・一覧から音声ソースを選んでください。
音声の設定はデフォルトで良いと思います。よほど耳が良い方じゃなければ、違いが分かりません。AACは嫌いだという方はMP3（lame）を選びましょう。
音声トラックが１つしかなくても画像のように反転させないと音声が無い動画が出来る事があります。
【字幕】
字幕
・Japanese（VobSub）を選択後、焼き込みにチェックして追加ボタンを押す
動画に字幕が付いている場合はここで追加ボタンを押さなければ、字幕が出ません。
プルダウンから表示させたい言語を選んで、３つのチェックボックスから動作を決めます。
MKVの場合、Foreign Audio Search（Bitmap）のまま、デフォルトにチェックを付けて追加ボタンを押すと、再生時に字幕のON・OFFが出来るらしいのですが、プレーヤーによってはON・OFF出来ないので、焼き込み（動画に直接貼り付けて常に表示）するようにしましょう。焼き込みにすると字幕映画を見てるような動画になります。
【チャプター設定】
チャプターマーカ
・チャプターマーカを作成：チェックあり
変換後もDVD同様にチャプター選択できるようする為にチャプターマーカを作成にチェックを入れましょう。
しかし、これQuickTime形式のチャプターマーカーなので、VLC Player等しっかり対応したソフトじゃないと機能しません。ですが、変換速度に変化はありませんので、今は使わなかったとしても今後いつでも使えるように付けた方が良いと思います。
【拡張】
エンコード関連
・参照フレーム：Default（3）
・最大B-フレーム：Default（3）
・CABACエントロビーコーディング：チェックあり
・8×8トランスフォーム：チェックなし（たった5％の圧縮率の為に速度が犠牲になるので）
・P-フレームの重み：チェックあり
・Bフレームピラミッド：既定値（標準）
心理視覚演算
・DTC-減少：チェックなし
分析関連
・適応型B-フレーム：最適
・適応型動き予測：既定値（空間軸）
・動き予測メソッド：Default（Hexagon）
・サブピクセル動き予測：Default（7）
・パーティション：Default
・格子（Trellis）：チェックなし
・適応型量子化強度：中央のまま
・心理視覚歪みレート：中央のまま
・ブロック解除： 両方ともDefault （0）
拡張は、MKV（H.264）で変換する用の詳細設定です。
設定が細かく難しそうですが、カーソルを項目に合わせると説明がポップアップされます。
初期設定では、変換速度を重視した設定になっていますので、画質も重視した設定に直します…と、言っても全項目をDefaultにするだけです。
以上、全てを設定したら右下の追加からプリセット名を付けて保存しましょう。
次回起動から同じ設定を右のプリセット一欄からいつでも選択出来ます
PS.
Handbrakeを起動しても途中でエラーになりソフトが落ちる方は、まずプリセットを適当に選んでから、変換したいソースを選ぶと回避できます